Это русское слово, образованное посредством суффикса "-ица" от исчезнувшего "пиголъ", производного с помощью суффикса "-ълъ" от звукоподражательного "пиг" (аналогичны по структуре слова "щегол", "гоголь").

У этого слова есть 2 значения. Прежде всего, пигалица - небольшая птичка семейства ржанковых с белым хвостом и белой полосой на крыльях, обитающая по берегам рек и озёр пустынной зоны. Совершенно ассоциативно повелось называть пигалицей и невзрачную, худощавую, низкорослую девушку (женщину).